Nem javított a közhangulaton a háború első éveinek eredménytelensége sem, a tétovázó, ütközetekbe nem bocsátkozó sereget elharapódzó ragályok pusztították. Nem segített az uralkodó jelenléte sem, 1788 őszén betegen kellett elhagynia a hadszínteret, s egészségét többé nem is tudta visszanyerni.

A kimerítő munka, a délvidéki hadszíntéren szerzett betegségei (többek között a malária) következtében 1790. február 20-án hunyt el. 49 éves volt.

II. József 1790 február 20-án halt meg, ám előtte körülbelül egy hónappal - 1789 december és 1790 január eleje közt - még járt a délvidéki katonai táborokban, ahol meglátogatta a törökök ellen harcoló csapatait. Az bizonyos, hogy innen már súlyos betegen érkezett Bécsbe. Szerintem - de erre nincs bizonyítékom - a harctéren szerzett egy fertőzést, ugyanis a délvidéki egységek körében ez idő tájt súlyos járványok dúltak. Én személy szerint a tipikus katonai járványok egyikére a vérhasra tippelnék. Ugyanis 1493-ban egy másik Habsburg uralkodó, II. Albert ugyanígy járt, a délvidékre látogatott a Titelnél állomásozó és török ellen harcoló csapatait megszemlélni, és itt kapta el a vérhast, amibe aztán belehalt. Ez csak egy elmélet, van némi alapja, és szerintem valóban ez történhetett, de nincs semmilyen forrásom az alátámasztására, így magam is kíváncsi lennék arra, hogy igaz e!